स्वास्थ्य निर्देशनालय, बागमती प्रदेश प्रदेश सरकार अन्तर्गत स्वास्थ्य मन्त्रालयको अधीनमा रहेको एक महत्वपूर्ण निकाय हो, जसले सम्पूर्ण बागमती प्रदेशभरका जनताको स्वास्थ्य सेवा पहुँच, गुणस्तर र प्रभावकारिता सुनिश्चित गर्न नीति निर्माणदेखि कार्यान्वयनसम्मको महत्त्वपूर्ण भूमिका निर्वाह गर्दै आएको छ।

निर्देशनालयको मुख्य उद्देश्य प्रदेश स्तरमा स्वास्थ्य प्रणालीको सुदृढीकरण गर्दै स्वास्थ्य सेवाहरूको समन्वय, अनुगमन, मूल्यांकन र आवश्यक प्रविधि तथा स्रोतसाधनको व्यवस्थापनमार्फत जनमैत्री, सर्वसुलभ र गुणस्तरीय बनाउनु हो। साथै, सार्वजनिक स्वास्थ्य कार्यक्रमहरू—जस्तै सरुवा र नसर्ने रोग नियन्त्रण, मातृ तथा नवजात स्वास्थ्य, बाल स्वास्थ्य, पोषण, मानसिक स्वास्थ्य, यौन तथा प्रजनन स्वास्थ्य, औषधी व्यवस्थापन, रोग अनुगमन र आपतकालीन स्वास्थ्य सेवा व्यवस्थापन आदि—को प्रभावकारी सञ्चालन निर्देशनालयको प्राथमिकता हो।

स्वास्थ्य निर्देशनालयले प्रदेश अन्तर्गतका जनस्वास्थ्य कार्यालयहरू, प्रदेश अस्पतालहरू, आयुर्वेद तथा वैकल्पिक अस्पतालहरू तथा अन्य सरोकारवाला निकायहरूसँग सहकार्य गर्दै प्रदेशको स्वास्थ्य क्षेत्रको समग्र विकासमा योगदान पुर्याइरहेको छ। डिजिटल प्रणाली, नवप्रवर्तन, प्रमाणमा आधारित योजना र सहभागी सोचमार्फत निर्देशनालयले प्रदेशवासीलाई समुचित स्वास्थ्य सेवा उपलब्ध गराउने लक्ष्य लिएको छ।